Moekotte is actief binnen een groot aantal verschillende marktsegmenten met elk hun specifieke kenmerken en werkwijze. Binnen de verschillende marktsegmenten is echter ook sprake van overeenkomsten als het gaat om standaardisatie van hardware, software en ontwerpdocumenten. Kruisbestuiving hiertussen is dan ook van groot belang, immers, waarom steeds het wiel opnieuw uitvinden als een oplossing binnen een ander marktsegment al voorhanden is? Vandaar dat Moekotte een aantal Competence Centers heeft opgericht, elk met een eigen consultant in de vorm van een Lead Engineer verantwoordelijk voor zijn eigen Competence Center. Deze consultant beschikt over de benodigde kennis en ervaring vanuit projecten, om opdrachtgevers te kunnen adviseren. Daarnaast wordt kennis verkregen en vergroot, door het bezoeken van seminairs en trainingen. Aan elk Competence Center worden zowel hardware als software engineers toegewezen.

De volgende Competence Centers zijn vastgelegd

• Watermanagement / Infra
• Waste / Gas / Oil / Energy
• Factory Automation / Vision
• Food / Beverage / Pharma / Chemical
• Virtual Simulation
• Material handling / Robotics
• Building Automation